Yvette, Bièvres et Mérantaise, le territoire de la CAPS offre des espaces naturels riches et variés. Cette variété de paysages fait que le territoire bénéficie d’une grande biodiversité d’espèces animales et végétales.

Forêt domaniale, étang de Saclay, rigoles royales, parc botanique de l’université, marais de la Vallée Bonnard, ce sont en tout 1250 ha qui sont classés ou inscrits. Espaces Naturels Sensibles (ENS), Zones naturelles d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique (ZNIEFF) : le patrimoine naturel de la CAPS est protégé.

Dès 2005, la CAPS s'est engagée dans l'élaboration d'un Agenda 21 local qui vise à promouvoir le développement durable dans tous les champs d'intervention de la CAPS, afin de préserver son patrimoine naturel et la richesse de sa biodiversité.